一般来说，正确安装、选址和维护的化粪池系统不会对水质产生不利影响。在某些情况下，设计可能需要进行高级处理以降低废水强度、氮污染的影响，或者在靠近地表水的物业中包括。
如果系统出现故障或者是直接排放到地下水中的旧系统，则不会对废水进行处理以降低病原体或营养物水平。如果该排放物靠近水体，可能会对水质产生负面影响。
这些影响的例子可能包括：
影响饮用水井的病原体、化学物质或营养物质对地下水的污染。
地表水可能被大肠杆菌等病原体、化学物质和包括氮和磷在内的营养物质污染。
病原体可能会导致休闲游泳区出现疾病，甚至需要关闭海滩并对人类和宠物造成危害。过量的氮和/或磷会导致蓝藻或蓝藻在短时间内过度生长，从而引发藻类大量繁殖。藻类的过度生长会消耗氧气并阻挡水下植物的阳光。当藻类终死亡时，水中的氧气就会被消耗掉。这可能导致鱼类和其他水生生物死亡并形成区域性“死区”。
沿海水域对化粪池系统故障造成的氮污染更敏感。
淡水河流、湖泊和池塘对化粪池系统故障造成的磷污染更敏感。
可能需要在区域或流域层面解决彼此靠近的化粪池系统以及环境敏感地区的水体出现故障的累积影响。