北京儿童医院积极发挥学科龙 头作用，领航儿科行业发展。2013年牵头组建北京儿童医院集团，创新“病人不动、医生移动”的模式服务全国患儿，目前理事单位成员已达57家。医院与美国、俄罗斯、加拿大、意大利、澳大利亚、瑞典、德国、法国、日本、新加坡等国家的儿童医疗机构和科研院所建立了良好的关系和广泛的合作，是科技部认定的儿童重大疾病国际科技合作基地。
儿童期肥胖带来的后果不可小视。较多见的并发症如代谢综合征、糖尿病、高血压、高血脂、脂肪肝、痛风、睡眠障碍大血管和微血管疾病以及癌症等。因此，积极筛查肥胖的病因及相关并发症并进行有针对性的至关重要。
巩纯秀主要研究方向为儿童糖尿病领域，涵盖儿童糖尿病流行病学研究、生存、代谢控制状况及胰岛素抵抗相关疾病范化研究。先天性高胰岛素性/新生儿糖尿病临床与遗传学研究。性腺研究主要包括婴幼儿乳房发育临床监测、DSD病因学及Kallmann综合征的基因学研究、小阴茎的、AAA综合征的遗传学研究、DSD患者体格发育研究、Silver Russule 综合征遗传学研究等。同时承担研究生教学以及留学生英文教学。
巩纯秀，中华医学会糖尿病学分会儿童青少年学组秘书，北京儿科学会青年委员，国际糖尿病联盟儿童青少年联合会ISPAD会员。主编《点燃希望儿童、青少年糖尿病管理指南》，参编《儿科学》、《Pediatrics》等多部著作。以作者或通讯作者在相关领域发表文章100余篇，包括SCI 7篇。获得中华预防医学奖二等奖（证书号20090108-2-G1004）。