商业保函，是由除银行以外的，实力雄厚的商业机构出具的保函，一般多为专业担保公司开具的公司保函，是商业机构信用担保。
区别就是银行保函是以银行信用为担保，承担人是银行。而商业保函是以商业机构信用为担保，承担人是商业机构。
担保公司保函(商业保函）业务办理流程
一、委托人向担保公司提供相关基本资料；
（1）公司营业执（三证合一的）；
（2）企业资质证书；
（3）招标文件（提供电子版）；
（4）中标通知书；
（5）施工合同（封面、协议部分）；
（6) 大北京地区的实名管理通知书。
注：（资料1-6项适用于民工工资保函；资料1-4项适用于履约保函、业主支付保函；资料1-5项适用于预付款保函。如有合同，则无需提供招标文件和中标通知书）
二、签订委托担保保证合同。
三、缴纳担保费。
四、出具保函。
五、定期做保后管理。
商业保函是由非融资性担保公司开具的。
首先担保公司保函和银行保函具备相同的法律效力，承担的责任相同，可以完全互换。区分担保公司保函和银行保函就看该保函是谁出具的，即有相关机构的公章及相关代表人签字或印章。
额保证是指保证人对一定期间内连续发生的不特定债权，在限额内承担保证责任。
额保证合同不是为特定的单笔债权提供个别担保，而是为可能发生的多笔债权提供整体担保，因此其独立于产生单笔债权的基础交易合同。
额保证涉及三个重要的期间：
一是决算期间。该期间是确定被担保债权的期间。该期间届满后，债权即特定化，保证人在限额内对特定化的债权余额承担保证责任。该期间自额保证合同生效之日起算，在合同约定之日截止。如无约定或约定不明确，保证人可以随时书面通知债权人终止合同。保证人对通知送达债权人前发生的债权余额承担保证责任。
二是清偿期间。该期间是保证人清偿债务的期间。额保证涉及多笔债权，各笔债权的到期日不尽相同。额保证合同可以约定统一的清偿期间。该期间一般自决算期间届满之日起算，于迟到期的单笔债权的履行期届满后截止。保证人在该期间内陆续履行保证责任。
三是保证期间。该期间是债权人行使索赔权的期间。如保证人未按约定履行保证责任，则债权人有权在该期间内提出索赔。在当事人未约定保证期间或约定不明确的情形下，如已约定清偿期间，则保证期间为清偿期间届满之日起六个月，如未约定清偿期间，则保证期间为决算期间届满之日起六个月。需要说明的是，在未约定清偿期间的情形下，保证期间兼有清偿期间的作用，实务中通常约定，额保证合同项下每笔债权的保证期间单独计算，自该笔债权履行期届满之日起两年。